Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang dihadapkan pada batasan hidup di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta untuk Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membawanya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas Amerika terkemuka, meskipun ia memiliki prestasi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktunya di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh badan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai kepala redaksi majalah sekolah. Namun, yang menarik, selama masa itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
