Brokoli sering dijuluki sebagai makanan super karena kandungan serat, vitamin C dan K, sulforafan, serta antioksidan yang kuat. Manfaatnya termasuk pencegahan kanker, kesehatan usus, dukungan tulang, dan sifat anti-inflamasi. Namun, selain semua kebaikan tersebut, brokoli juga memiliki efek samping yang jarang diketahui. Beberapa masalah kesehatan yang dapat dipicu oleh brokoli antara lain masalah pencernaan, dampak pada fungsi tiroid, dan pengaruh terhadap penyerapan obat dalam kondisi tertentu.
Salah satu efek samping brokoli adalah dapat menyebabkan perut kembung. Kandungan serat tinggi dalam brokoli berupa rafinosa, gula kompleks yang sulit dicerna dan dapat menyebabkan produksi gas di usus besar, sehingga berpotensi menimbulkan kembung dan kram perut. Selain itu, brokoli juga dapat mengganggu mikrobiota usus dan menyebabkan perubahan gas atau gangguan usus pada individu yang sensitif.
Selain itu, brokoli juga dapat memengaruhi fungsi tiroid karena mengandung goitrogen, senyawa yang dapat menghambat penyerapan yodium dan mengganggu produksi hormon tiroid. Orang dengan gangguan tiroid sebaiknya menghindari konsumsi brokoli mentah dalam jumlah besar. Pengonsumsi obat pengencer darah juga perlu berhati-hati dalam mengonsumsi brokoli karena kandungan vitamin K yang dapat bertentangan dengan efek obat pengencer darah.
Brokoli juga mengandung serat tidak larut yang dapat menyebabkan sembelit, diare, dan sakit perut jika dikonsumsi dalam jumlah berlebihan. Senyawa alami oksalat dan fitat dalam brokoli juga dapat mengikat mineral seperti kalsium, magnesium, dan zat besi, mengurangi ketersediaannya dalam tubuh. Meskipun demikian, jika dikonsumsi dalam jumlah yang wajar, brokoli tidak akan menyebabkan kekurangan mineral.