Anggota Komisi II DPR dari Fraksi PDIP, Bob Sitepu, mengeluarkan protes terhadap penunjukan Agus Fatoni sebagai Penjabat (Pj) Gubernur Papua pengganti Mayjen TNI (Purn) Ramses Aburaksa Limbong. Protes tersebut disampaikan Bob dalam rapat Komisi II DPR yang dihadiri Wakil Menteri dalam Negeri, Ribka Haluk, mendiskusikan persiapan pemilihan suara ulang (PSU) Pilkada di Papua. Bob mempertanyakan penunjukan ini dilakukan hanya sebulan sebelum pelaksanaan PSU. Politikus PDIP tersebut berharap agar pilkada ulang di Papua dan daerah lain dapat berjalan dengan lancar tanpa intervensi dari pihak manapun, termasuk pemerintah.
Mengenai penjelasan Ribka bahwa penunjukan Fatoni merupakan kebutuhan daerah, Bob menilai bahwa ada beberapa daerah otonomi lain yang mengalami masalah serupa namun tidak mendapat pendampingan khusus. Meskipun Agus Fatoni telah empat kali menjadi Penjabat, Bob tetap tidak menerima penjelasan tersebut. Sebelum dilantik, Agus Fatoni menjabat sebagai Direktur Jenderal Bina Keuangan Daerah Kemendagri dan telah ditugaskan sebagai Pj Gubernur di beberapa provinsi. Pengangkatannya didasarkan pada Keputusan Presiden Nomor 65/P Tahun 2025 tentang Pemberhentian Dan Pengangkatan Penjabat (Pj) Gubernur Papua. Demikianlah informasi terkait protes PDIP terhadap penunjukan Pj Gubernur Papua yang baru.