Komite Nasional Keselamatan Transportasi (KNKT) terus melakukan investigasi terkait tenggelamnya KMP Tunu Pratama Jaya. Berdasarkan temuan sementara, kapal tersebut dikemudikan oleh nakhoda pengganti atau Mualim I sebelum kejadian di Selat Bali pada hari Rabu. Ketua KNKT, Soerjanto Tjahjono, menyatakan bahwa temuan itu didapatkan setelah pihaknya memeriksa sejumlah awak kapal dan korban selamat dari tragedi tersebut.
Mualim I memiliki sertifikat Diklat Pelaut Nautika atau ANT dan bertanggung jawab secara langsung kepada nakhoda. Soerjanto menjelaskan bahwa awalnya KMP Tunu Pratama Jaya dikemudikan oleh Mualim I, namun setelah terjadi ombak tinggi, Mualim I membangunkan nakhoda yang sedang beristirahat. Tragedi tersebut menyebabkan nakhoda menjadi salah satu korban hilang yang belum ditemukan hingga saat ini.
KNKT masih melakukan analisis terkait apakah gelombang tinggi di Selat Bali menjadi faktor utama dari kecelakaan kapal tersebut. Mereka juga sedang mencari informasi terkait perawatan terakhir KMP Tunu Pratama Jaya pada Oktober 2024. Dilaporkan bahwa kapal tenggelam dalam perjalanan dari Pelabuhan Ketapang, Banyuwangi menuju Pelabuhan Gilimanuk, Bali. Hingga saat ini, sebagian korban telah ditemukan dalam kondisi selamat maupun meninggal dunia, namun masih ada orang lain yang masih dalam pencarian. Pasalnya, data manifes penumpang diduga tidak valid karena banyak penumpang yang tidak terdaftar dalam daftar manifes.
