Gates Foundation menegaskan bahwa mereka tidak ikut serta dalam program Makan Bergizi Gratis (MBG), karena fokus pemberdayaan nutrisi dan penurunan stunting anak di bawah lima tahun. Direktur Gates Foundation, Hari Menon, menjelaskan bahwa Bill Gates diajak mengunjungi sekolah untuk melihat implementasi MBG secara langsung. Menon menyatakan bahwa Gates Foundation belum terlibat dalam program tersebut baik pada tahap desain maupun implementasi, sehingga saat ini tidak dapat memberikan saran terkait program tersebut.
Menon menjelaskan bahwa pendekatan kerja Gates Foundation adalah dengan melihat prioritas dan upaya pemerintah suatu negara, kemudian menyumbangkan pengalaman, keahlian, dan solusi yang relevan. Jika ada kesesuaian, Gates Foundation akan terlibat dalam kemitraan tersebut. Selama 25 tahun, Gates Foundation telah berkontribusi dalam bidang kesehatan dan nutrisi, serta mendokumentasikan kisah sukses dari berbagai negara terkait permasalahan kesehatan.
Menon juga menyoroti penurunan stunting di Indonesia yang menurun dari 35 persen menjadi 21 persen, sebuah perubahan yang luar biasa menurutnya. Pihaknya siap membantu apabila diajak oleh pemerintah dan menawarkan pengalaman serta pengetahuan yang relevan. Namun, akan mengevaluasi apakah kontribusi mereka masih dibutuhkan jika program sudah berjalan atau berlanjut. Contohnya, Gates Foundation membantu dalam eliminasi tuberkulosis di Indonesia dengan mengembangkan alat diagnosis dan vaksin baru.
Sebelumnya, Prabowo mengajak Bill Gates untuk melihat secara langsung proyek Makan Bergizi Gratis di sekolah dasar. Namun belakangan muncul kasus keracunan di beberapa daerah terkait menu MBG. Ratusan anak di Jawa Barat mengalami gejala keracunan setelah mengonsumsi makanan tersebut. Gates Foundation belum terlibat dalam peninjauan proyek MBG secara langsung.